复印件不能作为认定案件事实的依据。因无法与原件核对的书证的复印件作为认定案件事实的依据，必须经过证据补强，而且要具备以下三个条件：

(1)必须有其他证据可以与复印件相互印证，单一的复印件证据不能单独认证，即复印件证据应有其他的辅助证据加以印证，而且证据之间应该能够形成证据锁链，从而证明案件事实。

(2)书证复印件提供人不能提供原件核对应当有正当理由，即由客观上不能提供原件的原因，主观上的原因是不能作为不能提供原件的正当理由。

(3)书证复印件提供人应证明不能提供原件是确有客观原因。本案中，复印件不能作为认定案件事实的依据，必须经过证据补强。

根据《证据规定》第67条规定：“无法与原件、原物核对的复印件、复制品等不能单独作为认定案件事实的依据。”

根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第78条规定：“证据材料为复制件，提供人拒不提供原件或原件线索，没有其他材料可以印证，对方当事人又不予承认的，在诉讼中不得作为认定事实的根据。”

在本案中，吴某借条原件被杨某撕毁，其提供的借条复印件无法与原件核对，因此不能单独作为认定案件事实的依据，属于待补强证据，需与其他证据进行印证才能作为认定案件事实的依据。吴某提供了同去讨债的哥哥的证人证言，由于证人与吴某是亲属关系，两人存在利害关系，该证据也属于待补强证据，因此不能很好地补强借条复印件的证明力。基于以上原因，吴某在没有提交借条原件的情况下，借条复印件不能作为认定案件事实的依据。

综上所述，借条复印件不能作为认定案件事实的依据。