有失公平的工程合同不一定有效。因为这种合同属于可撤销合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销；所以如果受损害方如果没有申请撤销该合同，则合同有效，如果受损害方申请撤销合同了，则合同无效。

所以有失公平的合同是否有效取决于受损害方是否申请撤销合同。

【法律依据】

《民法典》第一百五十一条，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。