1、规范的目的不同。诉讼时效的目的在于通过对民事权利的限制，督促权利人行使权利。

保证期间的设定基于保证制度中平衡当事人利益的考虑，避免债权人因怠于行使权利而加大保证人的风险。

规范的性质不同双方的区别在于，诉讼时效属法定期间，保证期间属约定期间。

2、起算点不同。诉讼时效起算点为权利人知道或应当知道权利被侵害之时，而保证期间自主债务履行期届满时开始起算。

3、法律效力不同。诉讼时效属可变期间，可因一定的法定事由而发生中止、中断或延长的法律后果，诉讼时效届满，消灭的仅是胜诉权或产生抗辩权，实体权并不因此而丧失。

而保证期间在性质上属于民法理论中的除斥期间，即权利人享有某种实体权利的存续期间。期间已过，该实体权利即告消灭，消灭的是实体上的权利。

保证期间届满，债权人尚未主张权利的，则保证人免除保证责任，债权人丧失的是实体权利。传统民法理论认为，除斥期间为不变期间，不因任何事由而中断、中止或延长。

【法律依据】《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。

但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。