公安机关办理刑事案件程序如下：

1.立案。报案后公安机关会对这些报案予以审查，决定是否立案侦查。

2.侦查。公安机关对犯罪嫌疑人采取一定的强制措施，询问当事人、证人等有关的案件情况，还会对现场进行勘察、取证、对一些物件进行鉴定等等。

3.审查起诉。人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。