虽然合同丢失，但是承包关系依然有效，最好能和村里补签一份合同，如果村里不补签，也不会影响你的继续承包。如果村里单方面解除合同，应该给予一定的补偿。

遗失农村土地承包合同书办理程序主要有以下：

1、承包方向发包方提出农村土地承包合同书遗失需补办申请。

2、发包方根据实际情况，报承包土地所在乡（镇）人民政府（农村经营管理部门）。

3、乡（镇）人民政府（农村经营管理部门）对发包方报送材料及时登记，并出具证明材料由承包方到县档案局查原始资料，同时把档案局原始资料复印件报县农村经营管理部门。

4、县农村经营管理部门对材料予以审核，符合规定的，在5个工作日内通知发包方补办农村土地承包合同书（正本）。

5、补办的农村土地承包合同书（正本），交承包土地所在乡（镇）人民政府(农村经营管理部门)进行复审合同内容是否档案内容一致，填写一致的，盖乡（镇）人民政府公章，发承包方。

【法律依据】

《农村土地承包法》第二十四条，国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。

土地承包经营权证或者林权证等证书应当将具有土地承包经营权的全部家庭成员列入。

登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。