两个孩子抚养权的分配：

1、如果双方可以就孩子抚养协商一致，按照双方当事人的意思分配；

2、如果双方不能就孩子抚养协商一致，法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决；

3、判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄，性别等因素进行判决，通常情况下，两周岁以内的子女原则上女方抚养，两周岁到八周岁之间的子女法院会按照有利子女成长的原则判决，八周岁以上的子女可以征求孩子意见。

【法律依据】

《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。