专利侵权纠纷的处理：

1、协商与和解：专利权人和被控侵权人均可自行协商或在其他第三方的调解、斡旋下达成和解协议，解决纠纷。提出协商意向时一般可以向侵权方发送侵权警告函。这在我国专利法中并无规定，但在现实生活中却被经常使用，而且还常取到较好的作用。

2、行政裁决或协调：专利权人在侵权人侵权事实和证据充分确凿的情况下，可向专利局等有关行政部门举报，由其采取行政措施，对侵权人的侵权行为进行调查核实后作出行政处罚。在行政裁决过程中，有关专利行政部门基于有关当事人的申请，可对专利侵权的民事责任进行调解。

3、向法院起诉：专利权人在发现侵权人侵犯其专利权后，可以向侵权行为地、被告所在地等相关人民法院提起民事诉讼，要求停止侵权行为赔偿经济损失等。同时有权申请对侵权人的侵权事实和证据进行诉讼保全，申请法院强制令，禁止侵权人继续侵权行为。

【法律依据】

《专利法》第七十四条，侵犯专利权的诉讼时效为三年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为以及侵权人之日起计算。

发明专利申请公布后至专利权授予前使用该发明未支付适当使用费的，专利权人要求支付使用费的诉讼时效为三年，自专利权人知道或者应当知道他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已知道或者应当知道的，自专利权授予之日起计算。