司法机关对被采取强制措施超过法定期限的处理有三种办法：

一是对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放；

二是对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当解除取保候审、监视居住；

三是变更强制措施，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。

【法律依据】《刑事诉讼法》第九十八条，犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在本法规定的侦查羁押、审查起诉、一审、二审期限内办结的；

对犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放；需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或者监视居住。