处理方式如下：

一、一方主张经营该企业的，对企业资产进行评估后，由取得企业一方给予另一方相应的补偿；

二、双方均主张经营该企业的，在双方竞价基础上，由取得企业的一方给予另一方相应的补偿；

三、双方均不愿意经营该企业的，按照《个人独资企业法》等相关规定办理。

【法律依据】

《婚姻法》第三十九条，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民法院根据财产的具体情况，照顾子女和女方权益的原则判决。夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。