员工辞职应当办理的手续有：

1、为从事有职业病危害作业的员工做健康检查。

2、办理工作交接。

3、归还公司财物、文件资料及清偿债务。

4、退还员工证件及结清工资。

5、如是公司提出解除劳动合同的，按照劳动合同法的规定向员工支付经济补偿金。

6、签订竞业禁止协议。对于公司认为需要签订竞业禁止协议的则在解除劳动合同协议中明确员工的相应义务。

7、出具解除或者终止劳动合同的证明。

8、办理档案和社会保险关系转移手续。

【法律依据】《劳动合同法》第五十条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明；

并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。

用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。