公积金扣款有两种方式：

一、一次性还款法：是指每年一次向受托行提取住房公积金账户余额，一次性冲还贷款本金，并按照冲还贷后的剩余贷款本金和还款期限重新计算月还款额。

二、逐月还款法：是指每月直接从委托人公积金账户中提取用于归还当月贷款本息的办法。提取的公积金金额不足时，委托人应及时补足其还款金额。

法律依据

《住房公积金管理条例》第二十六条 缴存住房公积金的职工，在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可以向住房公积金管理中心申请住房公积金贷款。住房公积金管理中心应当自受理申请之日起15日内作出准予贷款或者不准贷款的决定，并通知申请人;准予贷款的，由受委托银行办理贷款手续。住房公积金贷款的风险，由住房公积金管理中心承担。