超过诉讼时效丧失的是实体胜诉权，程序上还是可以起诉的。法院受理，对方可以以超过诉讼时效为抗辩理由，法院会判原告败诉。对方如果不提出超过诉讼时效的抗辩理由，法院也不会主动适用。

借款合同过了诉讼时效，可以通过以下方式保护自己的权益：

(一)对于超过诉讼时效期间，信用社向借款人发出催收到期贷款通知单，债务人在该通知单上签字或者盖章的，视为对原债务的重新确认。

(二)对超过诉讼时效期间，当事人就原债务达成还款协议的，依法予以保护。

(三)超过诉讼时效后如果债务人自愿履行债务，债务人在清偿债务后，不得以债权已过诉讼时效为由，要求债权人返还财产。

【法律依据】

《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。