工程欠款纠纷起诉程序是：

1.准确选择被告，在提起诉讼之时只要选择发包人、承担连带责任保证担保方式的任何当事人，包括一人或几人作为被告;

2.提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本;

3.根据谁主张谁举证原则，原告向法院起诉提交相应的材料;

4.立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续;

5.当事人在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费;

6.立案手续后，案件由法院排期开庭。

【法律依据】

根据《民事诉讼法》第一百四十九条，人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月;还需要延长的，报请上级人民法院批准。