军人协议离婚程序：

1、由当事人所在单位领导或政治机关应当进行调解。

2、调解无效，并符合婚姻法规定的离婚条件的，由政治机关出具证明后，方可到婚姻登记机关申请离婚。

3、双方到户口所在地的民政局提交证件和相关证明材料。

4、婚姻登记员讲明《婚姻法》关于登记离婚的条件并询问离婚意愿以及对离婚协议内容的意愿。

5、当事人双方填写《申请离婚登记说明书》，《申请离婚登记说明书》中“声明人”一栏的签名，必须由声明人在监誓人面前完成。

6、夫妻双方亲自在离婚协议上签名，婚姻登记员做监督人。协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份。一般情况下，离婚协议书当事人双方应事先准备好，打印还是手写没有统一要求，签名处最好空置，当场签署。

7、婚姻登记员对当事人提交的证件，申请离婚登记声明书，离婚协议书进行审查，符合离婚条件的，填写《离婚登记审查处理表》和离婚证。

8、婚姻登记员颁发离婚证，在当事人双方均在场时。

军人协议离婚的特殊规定根据《婚姻法》第三十三条，现役军人的配偶要求离婚，须得军人同意，但军人一方有重大过错的除外。