违章建筑买卖合同的处理方式为当事人向人民法院申请确认该合同无效。违章建筑属于法律法规禁止买卖转让的房屋，在未经主管部门处理并补办合法手续之前，出卖人就违章建筑与买受人订立的买卖合同无效。

【法律依据】

《中华人民共和国民法典》

第一百四十三条  具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。